Los orígenes de Yeste son desconocidos, fechándose en el año 1243 la primera referencia documental que poseemos sobre ella. Nada conocemos de su pasado islámico, debiendo de ser por entonces una pequeña población dependiente sucesivamente de Taibilla, de Socovos, y de Segura desde el siglo XI al XIII.

El terreno que conforma el término municipal de Yeste muestra evidencias de la larga tradición de asentamientos humanos en la zona. Los restos se han encontrado en los abrigos de Molino del Vadico, Palomar y Tus. Todos estos yacimientos se enmarcan en el período paleolítico superior, coincidiendo con su etapa final. De cualquier forma, la existencia de seriación sedimentaria indica que la utilización de tales abrigos podría remontarse aún más en el tiempo.  

La ocupación romana también alcanzó tierras de Yeste, y así, sus pedanías de La Graya y Góntar, muestran restos de esta civilización. Algunos de ellos son de indudable valor, como el conjunto de monedas incluidas en una vasija que se encontró en la aldea de Góntar. 
Durante el período musulmán, y ya en el siglo XI de nuestra era, se había establecido un reino de taifas de poca extensión que tenía su capital asentada en la importante villa jienense de Segura de la Sierra. A este reino perteneció Yeste hasta que el día 5 de julio de 1243, el que después sería Alfonso X el Sabio, confirmó la donación de Segura de la Sierra a la Orden de Santiago.  En 1245 se organizan administrativamente las encomiendas santiaguistas de Moratalla, Socovos y Yeste-Taibilla, con lo que esta población pasó a convertirse en cabeza de su encomienda siendo centro político y religioso de una amplia comarca a la que pertenecían las poblaciones vecinas de Nerpio, Taibilla, Letur, Liétor, Férez y Socovos.. Su situación fronteriza con los territorios aún musulmanes, hacía difícil la vida de las gentes en la zona, y obligaba a una importante presencia militar. 

Para facilitar el aumento de la población y la consiguiente defensa de la frontera la villa fue dotada por los reyes y por los maestres de la orden con privilegios y exenciones de tributos que la convirtieron en un centro de atracción de pobladores y familias que buscaron los beneficios fiscales para establecerse en ellas. Esta situación favoreció su desarrollo demográfico y se mantuvo hasta los primeros años del siglo XVI, cuando los Reyes Católicos decidieron suprimir gran parte de estos privilegios, no sin graves enfrentamientos con sus habitantes, que llevaron en 1503 a un levantamiento general de La población contra la monarquía castellana reprimido militarmente

  Hasta mediado el siglo XIX la villa dependió administrativamente de la Orden de Santiago, de cuya servidumbre quedó liberada al disolverse las Órdenes Militares. Renombrados en la historia reciente de Yeste son los sucesos del 36, justo antes de la Guerra Civil Española, en los que la revuelta popular intentó poner fin a los desmanes señoriales que todavía perduraban.

Integrada hasta el siglo XIX en el reino de Murcia, su principal misión en la época bajomedieval fue la de mantener la defensa de la frontera con Granada y colaborar en la conquista de nuevas tierras; en este sentido sus habitantes participaron en multitud de hechos militares, entre los que destaca la conquista de Huéscar en 1434 capitaneados por el comendador de Segura de la Sierra, D. Rodrigo Manrique, cuyas gestas y heroicidades han quedado resaltadas en las crónicas de aquel período.