Del período Neolítico también existen restos. Al excavar en interior de esta cueva aparecieron utensilios de piedra y una vasija ovoide decorada con incisiones geométricas, propias de la época.

En la época musulmana, la villa debió ser una alquería o casa de labranza integrada en la cora de Jaén. Sus habitantes aprovecharon su calidad de manantial natural para sus cultivos. En un principio, los árabes se reunieron en torno al castillo de Yedra, a pocos kilómetros del poblado, del que quedan dos peñascos que conforman la denominada Cueva de los Moros.En este lugar se cree que existía un túnel que comunicaba el castillo con el río, pero por más que se ha intentado buscarlo, ha sido sin éxito alguno.

"Fue una población aldea de Alcaraz hasta 1565, en que en unión con el caserío de Elche y Morote (hoy Molinicos), obtuvo el privilegio de villazgo, y se le señaló término, sin privarle de la mancomunidad de pastos y abrevaderos con su matriz. Ignorándose el tiempo de su fundación, es presumible que por lo menos sea tan antigua como su castillo de la Yedra, del que apenas quedan cimientos. Al final del privilegio de villazgo, hay dibujado un plano de este castillo con una nota que dice: Este castillo guardó antiguamente el paso de los moros, en favor de la Santa Fe Católica resistiendo a fuerza de armas a los de Granada y Baza. Estaban en este castillo de la villa de Aina 25 hijosdalgo, libres y exentos de todos pechos demandados y pedidos, y murieron muchos en cautiverio por la defensa de esta fortificación y la Santa Fe Católica. Está el título y confirmación de ello en poder de Francisco de la Fuente Pallarés, que en nombre de esta villa de Aina libró dicho privilegio y los procuró de exentar con S.M.R. Dióse este privilegio anterior y su confirmación en Valladolid a 8 de Junio de 1401. Más no se encuentra otro documento que garantice la exactitud de tal nota. Fue quemado el archivo de esta población a principios del siglo pasado por D.José González Pedrosa, vecino de Bogarra, con objeto (según tradición) de que no apareciesen los documentos donde constaba la mojonera de las villas de Bogarra y Aina (V)'.