En 1777 comenzaron una serie de conflictos entre el Ayuntamiento de Alcaraz y Graubner, teniendo que mediar constantemente el Consejo de Castilla y haciendo peligrar la subsistencia de los obreros, que pasaban meses sin cobrar sus sueldos.

De comienzos de 1770 a mediados de 1782 las Fábricas de San Juan de Alcaraz van a conocer la época de mayor actividad de toda la década en la que estuvieron bajo la dependencia del Consejo de Castilla; por primera vez dispusieron de una fuente de ingresos suficiente y de una administración financiera más racional y sometida a un control riguroso por parte del Consejo. Se concluyeron las obras de instalación.

Durante los años 1782 y 1785 estalla la crisis definitiva de la empresa mixta. El punto de partida y el factor más importante fue la epidemia de tercianas que llegó a un nivel de mortalidad sin precedentes. Otro factor fue la falta de dinero al suspenderse la subvención concedida desde 1779 a 1783. Durante 1783 y 1784 surgieron varias iniciativas para intentar sacar a las Fábricas de la crisis, pero fracasaron.

Aunque al final de su existencia (1995), las Fábricas estaban ubicadas en un edificio de tres plantas, y se situaba en el casco urbano de Riópar, anteriormente llamado Fábricas de San Juan de Alcaraz o Fábricas de Riópar, en 1784 se encontraban diseminadas en distintos puntos del valle, al SO. de la villa de Riópar, hoy llamado Riópar viejo.

A instancias del secretario de Hacienda de Múzquez, el gobernador interino del Consejo de Castilla, conde de Campomanes, propone un plan de saneamiento en el que estimaba imprescindible la intervención y el apoyo del Estado. En su "Reglamento provisional" declaraba explícitamente dos objetivos principales: establecer en la Fábricas un sistema de administración sencillo y eficaz y reducir al máximo los gastos superfluos.

El 14 de Agosto de 1785, una real orden colocaba a la fábrica de Alcaraz bajo dependencia de la Secretaría de Hacienda, con expresa inhibición del Consejo de Castilla y de cualquier otro organismo. Las Fábricas de Alcaraz dejaron de ser una empresa mixta para empezar a transformarse en una empresa pública.